中国绿色食品发展中心对许可使用绿色食品标志的产品进行统一编号，并颁发绿色食品标志使用证书。
编号形式为：－XX－XXXXXXXXXX或GF×××××× ×× ××××。
“”是绿色食品标志代码，后面的两位数代表产品分类，最后10位数字含义如下：一、二位是批准年度，三、四位是批准月份，五、六位是省区，七、八、九、十位是产品序号，最后一位是产品级别（A级以单数结尾，AA级为双数结尾）。从序号中能够辨别出此产品相关，同时鉴别出“绿标”是否已过使用期。
“GF”是绿色食品企业标志代码，后面的6位数代表地区代码，按行政区划编制到县级；中间两位数是认证年份，最后四位数是当年序号。自2009年8月1日起实施新的编号制度。产品编号与企业码过渡期截止日期为2012年7月31日。此后，所有获证产品包装上统一使用企业码。
