胚胎染色体异常是自然流产最常见的原因，据国内外文献报道，在早期自然流产中，46-54％与胚胎染色体异常有关，并且流产发生的时间越早，胚胎染色体异常的频率越高，复发率越低。相反，自然流产发生的时间越晚，胚胎染色体异常的几率较低。
当然，中、晚期自然流产中也会有一部分染色体异常：如21-3体综合征，需要在孕16-20周做羊水穿刺、产前诊断才能确诊。
有人认为胚胎染色体异常可能与孕妇年龄有关，但是已有研究表明，除了21三体与母体年龄较大有关外，其他三体与母亲年龄无关。
除了孕妇年龄，胚胎染色体异常跟环境的影响关系密切。环境中的致畸胎因素，如放射线、病毒、环境污染、某些物等。对于自然流产的病人，通常会询问相关的工作或生活环境中有无可疑的致畸因素，比如接触较多农的农民，厂车间工作的女性，工作环境中有高压电缆辐射，或者其他因素。一般相同环境下的人群自然流产几率相对偏高。
但总体来说，突发、偶发因素导致的胚胎染色体异常更常见，所以尽管避开一切不利因素，也仍有自然流产的可能。
曾经有一对夫妇因自然流产来就诊，没有检查出任何问题，再次怀孕还是流产了。再次妊娠时，两人痛下决心，不工作了，直接回农村老家山清水秀的地方保胎去了，现在可能孩子已经出生了吧。环境污染是我们每个人都痛心的恶疾，对人体的危害可能不仅止于某处吧。可我们能做的就很少了。
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