内膜异位症常见有、慢性盆腔痛、痛、异常和不孕。25％患者无任何症状。
1、和慢性盆腔痛：
内膜异位症最典型的症状为继发性，并随局部病变的进展而渐进性加重，但并非所有患者都有如此典型的症状。
2、痛：
约30％患者可出现痛。多见于直肠陷凹有异位病灶或因病变导致后倾固定的患者，时由于碰撞及收缩和向上提升而引起疼痛，一般表现为深部痛，来潮前疼痛更明显。
3、异常：
15％～30％患者有经量增多、经期延长或经前点滴出血。异常可能与病灶卵巢组织，影响卵巢功能有关。部分患者可能与同时合并有腺肌病或肌瘤有关。
4、不孕：
内异症患者不孕率高达40％，而在不孕症患者中，约80％有异位症，其中20％患者有中度以上病变。
5、急腹痛：
卵巢内膜异位囊肿经常会由于经期囊内出血、压力增加而多次出现小的破裂，由于破裂后立即被周围组织粘连而仅造成一过性的下腹部或盆腔深部疼痛。
6、其他症状：
盆腔外组织有异位内膜种植和生长时，多在病变部位出现结节样肿块，并伴有周期性疼痛、出血或经期肿块明显增大，后又缩小。肠道内异症患者可出现腹痛、腹泻或便秘，甚至有周期性少量便血。严重的肠道内异症可因直肠或乙状结肠受压而出现肠梗阻症状。
内异症可在经期出现尿痛和尿频，但多被严重的症状掩盖而被忽略。异位内膜侵犯和输尿管时，可出现一侧腰痛和血尿。
